Ende der 80er Jahre wurde die Strecke werktags von 7 Zugpaaren bedient, in erster Linie Schienenbusse. Es gab aber auch einige Leistungen, die mit 218 gefahren wurden, meist nur mit 2 Silberlingen und manchmal wurde auch ein Güterwagen mitbefördert.
Nachdem 1994 das Taktsystem "Linienstern Mühldorf" eingeführt wurde, wurde die stillegungsgefährdete Strecke Garching – Traunstein zunächst nicht integriert. Während auf allen anderen von Mühldorf ausgehenden Strecken mit den neugelieferten 628.4 bedient wurde, verblieb die Traun-Alz-Bahn als letzte Einsatzstrecke der Mühldorfer Schienenbusse.
Eine große Bedeutung hat die Strecke im Güterverkehr zwischen Trostberg – Garching und Mühldorf. Zwischen den beiden AlzChem-Werken (bis 2006 SKW Trostberg) in Trostberg und Hart bei Garching herrscht reger Austausch von Rohstoffen und weiterverarbeitbaren Produkten.
2006 wurde die nur 2 km lange Stichstrecke Hörpolding – Traunreut im Personenverkehr reaktiviert. Zuvor wies diese nur von 1952 - 1963 Personenverkehr auf. Gleichzeitig wurde der Verkehr zwischen Trostberg und Hörpolding ausgedünnt. Werktags fahren nur noch zwei Zugpaare die gesamte Strecke von Garching nach Traunstein, der Rest wendet bereits in Trostberg. Am Wochenende ruht der Personenverkehr ganz. Dafür fahren auf der Relation Traunstein – Traunreut die Regionalbahnen täglich im Stundentakt.
